Για να εξασφαλιστεί η ενοποιημένη διοίκηση και η συντονισμένη δράση των Εμπλεκομένων Φορέων, αξιοποιήθηκαν οι υφιστάμενες δομές και συγκροτήθηκαν νέες, σύμφωνα με το πρότυπο Διοίκησης Ολυμπιακής Ασφάλειας, μίας ανάλογης δομής που εφαρμόστηκε και σε προηγούμενες Ολυμπιάδες.
Σε Πολιτικό Επίπεδο, τον συντονισμό έχει αναλάβει ο θεσμικά υπεύθυνος Υπουργός Δημόσιας Τάξης, υπό τον οποίο λειτουργεί Πολιτικό Συντονιστικό Όργανο, όπου εκπροσωπούνται οι βασικοί Εμπλεκόμενοι Φορείς στην Ολυμπιακή Ασφάλεια (συναρμόδια Υπουργεία, Εθνική Υπηρεσία Πληροφοριών, Οργανωτική Επιτροπή Ολυμπιακών Αγώνων ΑΘΗΝΑ 2004 κ.λπ.), με αρμοδιότητα το χειρισμό και τη λήψη αποφάσεων σε κρίσιμα θέματα Ολυμπιακής Ασφάλειας.
Σε Στρατηγικό Επίπεδο, η Διοίκηση ασκείται από το Ολυμπιακό Στρατηγικό Κέντρο Ασφάλειας (Ο.Σ.Κ.Α.), που στεγάζεται στο Υπουργείο Δημόσιας Τάξης, με επικεφαλής τον Αρχηγό της Ελληνικής Αστυνομίας.
Η Επιχειρησιακή Διοίκηση, ασκείται μέσα από το Ολυμπιακό Κέντρο Ασφάλειας (Ο.Κ.Α.), που στεγάζεται στη Γενική Αστυνομική Διεύθυνση Αττικής (Γ.Α.Δ.Α.). Εκεί, εκπροσωπούνται όλοι οι Εμπλεκόμενοι Φορείς (Ελληνική Αστυνομία, Λιμενικό Σώμα, Πυροσβεστικό Σώμα, Ένοπλες Δυνάμεις, Οργανωτική Επιτροπή Ολυμπιακών Αγώνων ΑΘΗΝΑ 2004, Εθνικό Κέντρο Αμεσης Βοήθειας, Γενική Γραμματεία Πολιτικής Προστασίας, Σώμα Δίωξης Οικονομικού Εγκλήματος, Τελωνεία, Εθνική Μετεωρολογική Υπηρεσία, Υπηρεσία Πολιτικής Αεροπορίας, Υπουργείο Εξωτερικών, Εισαγγελική Αρχή, Υπουργείο Μεταφορών και Επικοινωνιών, Δημόσια Επιχείρηση Ηλεκτρισμού, Οργανισμός Τηλεπικοινωνιών Ελλάδος, Δημόσια Επιχείρηση Φυσικού Αερίου, Εθνική Υπηρεσία Ύδρευσης και Αποχέτευσης, Δήμος Αθηναίων, Τοπική Ένωση Δήμων και Κοινοτήτων). Από εκεί, συντονίζονται όλες οι δράσεις που περιλαμβάνουν και όλες τις Ολυμπιακές πόλεις.
Σε Tακτικό Eπίπεδο όλες οι Ολυμπιακές Εγκαταστάσεις διαθέτουν αυτόνομα Επιχειρησιακά Κέντρα, διασυνδεδεμένα με το Ολυμπιακό Κέντρο Ασφάλειας (Ο.Κ.Α.), όπου εκπροσωπούνται οι εμπλεκόμενοι φορείς.
Για τη συγκεκριμένη επιχειρησιακή περίοδο, προβλέπεται ένα Συμβούλιο Διαχείρισης Κρίσεων, υπό τον Αρχηγό της Ελληνικής Αστυνομίας, με τη συμμετοχή των Αρχηγών του Λιμενικού Σώματος, του Πυροσβεστικού Σώματος, του Α΄ Υποδιοικητή Εθνικής Υπηρεσίας Πληροφοριών, Ανώτατου Αξιωματικού Γενικού Επιτελείου Εθνικής Αμυνας, του Διευθυντή της Ασφάλειας Ολυμπιακών Αγώνων, Εκπροσώπου Γενικής Γραμματείας Πολιτικής Προστασίας, Εκπροσώπου της Γενικής Γραμματείας Ολυμπιακών Αγώνων, καθώς και του Διευθύνοντα Συμβούλου της Οργανωτικής Επιτροπής Ολυμπιακών Αγώνων ΑΘΗΝΑ 2004.
Στο Συμβούλιο Διαχείρισης Κρίσεων συμμετέχουν επίσης, ο Διευθυντής του Ολυμπιακού Κέντρου Ασφάλειας, ο επικεφαλής της Κοινής Ομάδας Πληροφοριών και ο Εκπρόσωπος Τύπος του Αρχηγείου Ελληνικής Αστυνομίας.
