Η ελεγκτική αρχή σύμφωνα με τις διατάξεις του άρθρου 32 της υπ’ αριθ. 574/2007/Ε.Κ. Απόφασης του Συμβουλίου και του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου:
- φροντίζει ώστε να πραγματοποιούνται λογιστικοί έλεγχοι για την επαλήθευση της αποτελεσματικής λειτουργίας του συστήματος διαχείρισης και ελέγχου.
- φροντίζει ώστε να πραγματοποιούνται λογιστικοί έλεγχοι των δράσεων με βάση το κατάλληλο δείγμα για την επαλήθευση των δαπανών που δηλώθηκαν· το δείγμα αντιπροσωπεύει τουλάχιστον το 10 % των συνολικών επιλέξιμων δαπανών για κάθε ετήσιο πρόγραμμα.
- υποβάλλει στην Επιτροπή , εντός έξι μηνών από την έγκριση του πολυετούς προγράμματος , στρατηγική ελέγχου που καλύπτει τους οργανισμούς οι οποίοι πραγματοποιούν τους λογιστικούς ελέγχους που αναφέρονται στα στοιχεία α ) και β ), μεριμνώντας ώστε να ελέγχονται οι κύριοι δικαιούχοι της συγχρηματοδότησης από το Ταμείο και να κατανέμονται οι έλεγχοι ομοιόμορφα σε ολόκληρη την περίοδο προγραμματισμού.
Για κάθε ετήσιο πρόγραμμα, η ελεγκτική αρχή συντάσσει έκθεση η οποία περιλαμβάνει :
- ετήσια έκθεση λογιστικού ελέγχου που εκθέτει τα συμπεράσματα των λογιστικών ελέγχων που πραγματοποιήθηκαν σύμφωνα με τη στρατηγική λογιστικού ελέγχου όσον αφορά το ετήσιο πρόγραμμα και προσδιορίζει οποιοδήποτε κενό διαπιστώθηκε στα συστήματα διαχείρισης και ελέγχου του προγράμματος.
- γνωμοδότηση , με βάση τους λογιστικούς και άλλους ελέγχους που διενεργήθηκαν υπό την ευθύνη της ελεγκτικής αρχής , για το κατά πόσον η λειτουργία του συστήματος διαχείρισης και ελέγχου παρέχει εύλογη διαβεβαίωση αξιοπιστίας για την ορθότητα των δηλώσεων δαπανών που υποβάλλονται στην Επιτροπή και για τη νομιμότητα και κανονικότητα των σχετικών συναλλαγών.
- δήλωση που αξιολογεί το κύρος της αίτησης πληρωμής ή της δήλωσης επιστροφής του τελικού υπολοίπου , καθώς και τη νομιμότητα και την κανονικότητα των σχετικών δαπανών.
Η Αρχή Ελέγχου μεριμνά ώστε κατά την εργασία λογιστικού ελέγχου να λαμβάνονται υπόψη τα διεθνώς αποδεκτά ελεγκτικά πρότυπα.
